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Accélérer ses tâches avec GNU Parallel et les lots de tâches (UL)

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Pavillon Adrien-Pouliot, PLT-3970

1065, avenue de la Médecine

Université Laval

Québec, Qc

Canada

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Résumé

GNU Parallel est un outil nous permettant d’exécuter une ou plusieurs commandes en parallèle. Les tableaux de tâches de Slurm nous permettent de soumettre des dizaines voir des centaines de tâches sur les mêmes données ou sur différents ensemble de données. Nous examinerons un exemple réel en bioinformatique avec l’outil BLAST+ permettant d’accélérer considérablement son utilisation. Bien que cet exemple s’applique à la bio-informatique, les techniques vues lors de ce midi-conférence peuvent être réutilisées dans différents domaines.

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Pour toutes questions, écrivez-nous à formation@calculquebec.ca.


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