Gratuit

Calcul informatique de pointe pour débutants [CQ - U. Laval]

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Endroit

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Pavillon Adrien-Pouliot, PLT-3928

1065, avenue de la MédecineUniversité Laval

Université Laval

Québec, QC G1V 0A6

Canada

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Remboursements jusqu'à 7 jours avant l'événement

Description de l'événement

Description

Cet atelier sur deux jours, en français sera donné par Mr. Maxime Boissonneault et Mr. Félix-Antoine Fortin, Mr. Charles Coulombe et Mme Julie Faure-Lacroix, analystes de calcul à Calcul Québec à l'Université Laval. Il s'agit d'un atelier basé sur le contenu de Software Carpentry
Cet atelier est divisé en quatre cours de 3h30 qui ont pour objectifs :

  • Vous familiariser avec la ligne de commande Unix
  • Vous familiariser avec la gestion de code source
  • Vous initier à la programmation en utilisant le langage R
  • Vous familiariser à l'utilisation des serveurs de calcul de Calcul Québec

Prérequis

Le premier cours de cet atelier vous guide à travers les bases d’un système de fichiers et d’une interface par ligne de commande. Si vous avez déjà stocké des fichiers sur un ordinateur et connaissez les mots “fichier” et “répertoire”, vous avez les prérequis. Les cours suivants construisent sur ce premier cours.

Horaire

Jour 1

8:30 à 12:00 Ligne de commande Unix

13:30 à 17:00 Gestion de révisions avec Git

Jour 2

8:30 à 12:00 Introduction à la programmation avec R

13:30 à 17:00 Premiers pas sur les serveurs de calcul


Détails

Ligne de commande Unix
La ligne de commande Unix (Unix shell) existe depuis probablement plus longtemps que la majorité de ses utilisateurs. Cet outil a survécu aussi longtemps, car il s’agit d’un outil puissant qui permet d’effectuer des opérations complexes en quelques commandes. De façon plus importante, il permet de combiner des programmes existants de multiples façon et d’automatiser les tâches répétitives. L’utilisation de la ligne de commande Unix est fondamentale pour l’utilisation d’un vaste éventail d’outils puissants et de ressources de calcul, incluant les supercalculateurs.

  • Introduction à la ligne de commande

  • Arborescence de fichiers et répertoires

  • Création, suppression et gestion de fichiers et répertoires

  • Combinaisons de commandes, redirections et filtres

  • Boucles

  • Scripts bash

  • Recherche de fichiers


Gestion de révisions avec Git

La gestion de révisions est le carnet de laboratoire du monde numérique : c’est ce que les professionnels utilisent pour garder la trace de ce qu’ils ont fait et pour collaborer avec d’autres personnes. Tous les projets de développement majeurs utilisent un système de gestion de révisions et la majorité des programmeurs en utilisent aussi un pour des petits projets. Cela ne s’applique pas qu’aux logiciels. Les livres, articles, jeux de données, et tout ce qui peut changer dans le temps ou doit être partagé peut et devrait être stocké dans un système de gestion des révisions.

  • Introduction à la gestion des révisions

  • Configuration de Git

  • Créer un dépôt

  • Suivre les révisions

  • Explorer l’historique

  • Ignorer certains fichiers

  • Dépôts distants

  • Collaborer

  • Gestion des conflits

  • Science ouverte, licences et hébergement


Introduction à la programmation (en R)

La meilleure façon d’apprendre à programmer est de réaliser une tâche utile. Cette introduction à la programmation en R est donc construite autour d’une tâche scientifique courante : l’analyse de données. Le but n’est pas de vous enseigner R en soit, mais de vous enseigner les concepts de base sur lesquels repose toute programmation.

  • Analyser des données

  • Créer des fonctions

  • Analyses répétitives avec des boucles

  • Faire des choix (conditions)

  • R en ligne de commande

  • Bonnes pratiques de programmation R


Premiers pas sur les serveurs de calcul

Utiliser un super-ordinateur peut être une expérience plutôt déroutante pour un débutant. Plusieurs défis doivent être relevés avant de pouvoir bénéficier pleinement de la puissance d’une telle installation. Le but de ce cours est de faire sauter ces barrières une à la fois et d’amener les participants à lancer leurs premiers calculs sur nos serveurs.

  • Introduction au calcul informatique de pointe

  • Transfert de fichiers à partir de/vers la grappe de calcul avec Globus

  • Utilisation de modules

  • Utilisation de l’ordonnanceur et soumission de tâches

  • Erreurs courantes, bonnes pratiques et recommandations


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